La più grande è l’Isola Polvese che con i suoi 69,6 ettari e 313,4 mt slm è anche la più alta delle tre isole del Lago Trasimeno. L’Isola Polvese è liberamente visitabile anche se dal 1995 appartiene al Parco Regionale del Trasimeno e oltre ai bellissimi scorci offre ai visitatori tre punti d’interesse: la Rocca, le rovine della Chiesa Olivetana di San Secondo e la Chiesa di San Giuliano.

Una volta sbarcati sull’Isola Maggiore, l’unica abitata, ci si trova in una piazzatta con due possibilità andare a destra in direzione di via dei “3 martiri” e da qui andare verso il mulino a vento o, risalendo via San Michele Arcangelo, andare verso l’omonima chiesa oppure andare a sinistra verso via Guglielmi e da qui verso il Lungo Lago. Qui le cose da vedere sono diverse: la zona di attracco (via Guglielmi) con i suoi palazzi, la Chiesa di San Salvatore, il rudere della chiesetta monastero delle Suore di San Leonardo, i ruderi della Torre di epoca romana, la Chiesa di San Michele Arcangelo, la Cappella di San Francesco con all’interno il giaciglio del Santo, lo Scoglio e la fonte di San Francesco, la Chiesa di San Francesco, il Castello Guglielmi e il mulino a vento. Non tutti sanno che l’Isola Maggiore fu uno dei luoghi cari a San Francesco di Assisi che vi sostò e meditò durante la Quaresima del 1211.

La terza isola, l’Isola Minore (detta anche Isoletta) è privata e non visitabile. Attualmente è disabitata, anche se fino al XV secolo risulta essere stata abitata da molte famiglie.